西南交大最好的四个专业是交通工程、土木工程、电气工程及其自动化、交通运输。其他好的专业是信息与通信工程、控制科学与工程、土木工程、测绘科学与技术。

交通运输专业

(国家一流初中专业建设点、国家特色专业、国家重点一级学科)

依托全国排名第一的交通运输工程国家一级学科，交通运输专业先后三次通过教育部工程教育认证。是全国第一个交通运输专业，也是西南交通初中最好的专业之一。2007年被评为第二批国家特色专业，2020年被评为国家一流初中专业建设点。交通运输工程一级学科在教育部评估中连续12年位居全国第一。

土木工程专业

(国家一级初中专业建设点，国家特色专业)

1997年、2002年、2007年，西南交通初级中学土木工程专业通过了教育部、住房和城乡建设部组织的全国普通高等学校土木工程教育合格评估。2012年进入国家综合改革试点专业，2019年被评为国家一级初中专业建设点。在第四轮国家级学科评估结果中，土木工程学科被评为A-。

电气工程及其自动化

(国家一级初中专业建设点、国家特色专业、国家重点专业)

电气工程及其自动化是西南交通大学的强势专业。它是由电气工程学院提供的。2007年被评为首批“国家特色专业”，2010年被评为首批“卓越工程师培养计划”，2012年被评为首批“国家重点专业”，2019年被评为首批“国家一流初中专业建设点”。

交通工程专业

(国家一级初中专业建设点、国家特色专业、四川品牌专业)

1980年，西南交通初级中学在“铁路运输专业”的基础上，开始建设“交通工程”专业。1982年率先向当时的高教部申请。1985年正式批准招收初中和研究生，成为全国首批设立交通工程专业的三所初中之一。1986年正式招收博士生，形成了完整的本科、硕士、博士专业人才培养体系。

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国家特色专业:交通运输、车辆工程、电气工程及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程、工程力学、通信工程、建筑学、交通工程、地质工程、电子信息工程、计算机科学与技术。

教育部卓越工程师教育培养计划:地质工程、材料科学与工程、机械设计制造及其自动化、车辆工程、电气工程及其自动化、电子信息工程、生物医学工程、软件工程、建筑学、土木工程、环境工程、交通运输、交通工程、工程力学、安全工程、物流工程。

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